สำนักงานเขตพื้นที่การศึกษามัธยมศึกษามุกดาหาร ได้รับเกียรติบัตรจากสำนักงานคณะกรรมการการศึกษาขั้นพื้นฐาน จำนวน 2 รายการดังนี้
1. หน่วยงานที่มุ่งมั่นในการศึกษาและพัฒนานวัตกรรม การบริหารจัดการโรงเรียนขนาดเล็กให้มีประสิทธิภาพ
2. หน่วยงานที่มุ่งมั่นในการศึกษาและพัฒนารูปแบบ การบริหารจัดการโรงเรียนขนาดเล็กให้มีประสิทธิภาพ
